Komšić je u SDP-u BiH bio na funkciji potpredsjednika stranke, no tokom maja dao je ostavku na stranačke dužnosti, koju nije prihvatilo Predsjedništvo SDP-a. Prošlog petka, tokom sjednice stranačkog predsjedništva, na kojoj se razmatrao sporazum nove parlamentarne većine, Komšić je vidno uzrujan napustio sastanak. Svoje neslaganje sa sporazumom ispoljio je nekoliko dana prije sjednice Predsjedništva SDP-a, a tokom vikenda bio je također precizan: Ne prihvatam taj sporazum! 

Komšićevo neprihvatanje sporazuma dovelo je do toga da se iz SDP-a BiH svom potpredsjedniku, inače dobitniku gotovo 340.000 glasova na izborima 2010, danas obrate saopštenjem za javnost. SDP BiH  poručio je Komšiću da je prioritet SDP-a "ispunjavanje uslova za kredibilnu aplikaciju za članstvo BiH u EU". A potom su mu javno poručili i šta očekuju od njega.

- Stoga, očekujemo od svog potpredsjednika Željka Komšića da aktualizira dio prijedloga Ustava BiH koji je usvojio GO SDP-a još 2007. o izboru jednog Predsjednika BiH i četiri jednakopravna kluba u Domu naroda. Uloga Predsjedništva BiH u cijelom procesu treba biti ojačana jer je to institucija koja je ovlašteni predlagač ustavnih reformi koje se, između ostalog, tiču i njih samih. Zaključak Predsjedništva SDP-a od 20. jula podrazumijeva da potpredsjednik stranke i član Predsjedništva BiH o tome razgovara sa druga dva člana Predsjedništva BiH koji su ujedno predstavnici dvije političke stranke čija saglasnost je važna u procesu implementacije presude Sejdić-Finci, kaže Komšiću Centar za informisanje SDP-a.

Svom potpredsjedniku SDP je poručio i da BiH sebi ne smije dopustiti gubitak perspektive za članstvo u EU. Izostanak napretka na evropskom putu odgovara samo onima kojima je raspad države najbliža opcija, stoji u saopštenju.

Podsjetimo da je Komšić rekao da sporazum ne predstavlja rješenje presude Sejdić i Finci, jer se u presudi govori o pravima pojedinaca, a ne o pravima kolektiviteta, što se opet sporazumom ne rješava. Za Oslobođenje, iz Komšićevog kabineta je prokomentirano i saopćenje Centra partije: "Predsjednik Komšić je već iznio svoj stav o tome da se vrh SDP-a odredi da li stoji iza diskriminirajućih rješenja iz 'sporazuma' koja jednu ogromnu populaciju Bosanaca i Hercegovaca ostavlja obespravljenu, van ustavno-pravnog sistema BiH."  

Nakon prepiske, stigla je i vijest o Komšićevom napuštanju SDP-a BiH. Negativne reakcije na dogovor nove parlamentarne većine u Federaciji, koju čine SDPBiH, SBB, HDZ 1990 i HDZBiH, o provedbi presude Evropskog suda za ljudska prava u Strasbourgu u slučaju Sejdić i Finci protiv BiH, brojnije su iz dana u dan. Vehid Šehić, pravni stručnjak, nekadašnji član CIK-a i član Privremene komisije oba doma Parlamentarne skupštine BiH za provedbu pomenute presude, za Oslobođenje kaže da se rješenjima koja su ponuđena daje još veći značaj etničkom principu, što, prema njegovom mišljenju, nije prihvatljivo.